是的，系统硬盘和别的区的硬盘是分开的。系统硬盘指的是计算机中用来安装操作系统和系统文件的硬盘，它通常被分为多个分区，其中一部分用于储存操作系统和系统文件，另外一部分则可以用于储存其他文件。而别的区的硬盘指的是除了系统硬盘之外的其他硬盘，它们可以单独使用或与系统硬盘一起运作，但它们的存储空间不合并。

因此，在进行算术运算或文件存储时，系统会将它们视为不同的硬盘并分别进行操作。