澳门科技大学位列2023泰晤士高等教育世界大学排名世界第201-250区间，2023QS世界大学排名世界第581-590区间，2022U.S. News世界大学排名世界第1002位，2022泰晤士高等教育亚洲大学排名第36位、世界年轻大学排名第39位；生物学与生物化学、工程学、分子生物学与遗传学、药理毒理学、计算机科学、临床医学、社会科学（综合）共7个学科位列ESI。