网上开食品店办理营业执照流程大致如下：

1. 登录所在地市场监督管理局官网，注册账号并填写相关信息。

2. 选择“个体工商户”或“企业法人”类型，提交预设店名审核。

3. 提交经营者身份证明、经营场所证明或网络平台入驻协议等材料。

4. 填写经营范围，明确含“网上经营”或“食品销售”内容。

5. 根据网站指引，完成线上申请与电子签名。

6. 审核通过后，凭通知领取或下载电子营业执照。

随后还需办理《食品经营许可证》，具体流程参照各地食品药品监管部门的规定，通常包括在线提交申请表、相关资料电子版，并配合实地核查。