甄嬛传的准噶尔可汗结局是：准噶尔可汗被甄嬛在岁月神偷的计谋下诈死，甄嬛最终重回甘凉，并在靖妃携带的毒药中牺牲，准噶尔可汗悔不当初，终生难忘甄嬛。