对于中医诊所使用一人一方制丸机是否合法，需要考虑多个因素。

首先，制丸机本身是一种制药设备，其使用必须符合相关法律法规的规定。如果制丸机的使用符合国家药品生产质量管理规范（GMP）的要求，并且制出的药丸也经过了合法的检验和审批流程，那么使用制丸机是合法的。

其次，中医诊所使用制丸机还需要具备相应的资质和许可。如果中医诊所没有取得相应的药品生产许可证或者没有经过相关的注册审批，或者制出的药丸存在质量问题，那么这种使用就是不合法的。

最后，需要注意的是，一人一方制丸机的使用必须符合医疗规范，不能违反诊疗规范、药品管理等相关法律法规。因此，在使用制丸机时，中医诊所需要严格遵守相关规定，确保药丸的质量和安全。

综上所述，中医诊所使用一人一方制丸机是否合法需要根据具体情况来判断。在符合相关法律法规和具备相应资质的前提下，这种使用是合法的；反之则是非法的。