大病医疗专项扣除申报方式的选择，需要根据个人的具体情况来决定。一般来说，有两种申报方式可供选择：通过扣缴义务人申报和综合所得年度自行申报。

如果纳税人选择通过扣缴义务人申报，那么单位在代扣代缴工资、薪金所得个人所得税时，会同时办理大病医疗扣除。这种方式适用于那些有固定工作单位，且单位负责代扣代缴个人所得税的纳税人。

如果纳税人选择综合所得年度自行申报，那么就需要在次年3月1日至6月30日办理汇算清缴时，自行申报大病医疗扣除。这种方式适用于那些没有固定工作单位，或者虽然有工作单位但单位不负责代扣代缴个人所得税的纳税人。

在选择申报方式时，纳税人需要综合考虑自己的实际情况和便利性。如果能够通过扣缴义务人申报，那么就可以省去自行申报的麻烦；如果无法通过扣缴义务人申报，那么就需要自行办理汇算清缴并申报大病医疗扣除。无论选择哪种方式，都需要确保申报的准确性和及时性，以避免不必要的税务风险。