玉尊宫初名开元观，唐高宗嗣圣元年（684年），奉旨肇建于漳浦县李沃川，唐贞元二年（786年）迁建于州城西隅做荞巷，宋太宗祥符元年（1008年）易名天庆观。元世祖元贞元年（1295年）又易名为玄妙观，明洪武二十年（1387年）改为今名。民国8年（1919年），援闽粤军陈炯明所部驻漳州，毁宫汰道，宫庙被夷为平地，仅存6支蟠龙石柱。后经信众商议，在天宝镇珠里村后坑社莲花宝穴建起简易庙宇，迎神尊供信众奉祀参香。

1992年11月17日，台湾宜兰草湖玉尊宫管委会主任李炳南率团前来考察。次年5月16日，他又率进香团80多人前来进香。随后，台湾宜兰草湖玉尊宫管委会捐资折合人民币700多万元重建珠里村玉尊宫主殿，该主殿于1999年1月9日落成。