员工卷款逃跑的立案标准，应当依据具体情形而定。员工卷款逃跑有可能涉嫌职务侵占罪，所以员工卷款逃跑，数额在五千元至一万元以上的，公安机关应予立案。员工卷款逃跑还可能涉嫌盗窃罪，那么涉案金额达到1000元以上的，就可以立案。

如果是国家工作人员携带公款逃跑20000元以上，就可以到公安机关报案，其行为涉嫌挪用公款罪。国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的，是挪用公款罪，处五年以下有期徒刑或者拘役；情节严重的，处五年以上有期徒刑