法兰克系统的三轴归零方法包括水平、垂直和径向三个方向的归零操作。

首先，水平归零通过调整水平度仪器来使水平达到零偏差，垂直归零则通过调整垂直度仪器使仪器垂直度达到零偏差，最后，径向归零则通过仪器内部的径向调整装置来校正径向偏差使之达到归零。通过这三个步骤的操作，法兰克系统可以实现三轴的精确归零，提高测量精度。