一般情况下，保险公司会赔偿因为保险公司的赔偿一般是按照保险合同的约定进行的，如果合同中包含车辆自燃的保险责任，那么保险公司就有赔偿责任。

而改装车辆的车主在购买保险时，应该根据实际情况选择适合的保险条款和保险金额，遵守平等互利、诚实信用原则，如果车辆自燃是在保险责任范围内的话，保险公司是有赔偿责任的。

如果车主在车辆改装前未告知保险公司或者违反了保险合同的相关规定，导致车辆自燃，保险公司可能有权拒绝赔偿或者减少赔偿金额，这就需要具体根据保险合同的具体情况进行判断。

总之，在车辆自燃的情况下，如果保险合同中包含相关责任条款，保险公司一般会进行赔偿。