衡量人体有益菌是否健康的标准主要包括：菌群丰度、菌群多样性、菌群稳定性和代谢功能。

菌群丰度指有益菌的数量是否均衡丰富，应具有合适的数量以维持身体正常生理功能；菌群多样性指有益菌种类的丰富度，应具有多样性，从而提高身体对多种病原体的抵抗能力；菌群稳定性指菌群是否稳定，该标准与人体免疫系统密切相关；代谢功能指菌群是否能够有效地产生维生素、抗氧化物、酶等生物活性物质以及调整人体代谢平衡。以上标准的同时满足可以认为人体有益菌健康。