如果退税时发现需要补交税款，处理方法如下：

1. 在规定时间内缴清需要补交的税款；

2. 如果已经超过了规定时间，可向相关税务机关提出申请，尽可能的避免其它惩罚；

3. 如果发现需要补交税款前还未提交申请，相关税务机关将对其进行罚款和停业整顿等处罚。

退税时需要认真核对所填报的内容和数据，并在退税前咨询专业人士。遵守法律规定和诚实守信原则是进行退税的最基本要求，以维护自身合法权益和企业形象。