细菌按照饮食分类，主要有以下几种：

自养菌 。以无机物为原料，合成自己本身所需要的物质，称为化能自养菌。如果是通过光合作用合成自身所需要的物质，称为光能自养菌。

异养菌 。以有机物为原料，没有自养菌那么相对复杂的酶系统，通过直接获取蛋白质和糖类等合成自身成分，获得能量。异养菌又包括腐生菌和寄生菌。

细菌按照对氧气的需求分类，还可以分为需氧菌、厌氧菌等。