赣州火车站到于都的交通方式有公交车和出租车两种。但是凌晨时段公交车可能不太频繁，建议您提前查询具体时刻表。此外，出租车随时都有可能存在空车难找的情况，特别是凌晨时段。

如果您的行程确实需要在凌晨到达于都，建议提前预订出租车或包车等服务，以确保您的行程顺利。