新农合报销的门槛主要是在报销比例和报销范围上，具体如下：

村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。

镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。

二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。

三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。

中药发票附上处方每贴限额1元。

镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。