矛尾鱼和腔棘鱼虽然都属于腔棘鱼目，但它们存在一些明显的区别。

首先，矛尾鱼是腔棘鱼目矛尾鱼属的鱼类，是现存唯一的腔棘鱼。它最初被认为已经灭绝，但在1938年被重新发现，具有非常重要的科研价值。矛尾鱼与几百万年前，甚至更古老的祖先有十分相似的外貌特征，因此被称为“活化石”。

其次，腔棘鱼是肉鳍鱼总纲腔棘鱼目的鱼类，包含了最古老的有颔下门分支。它们最初出现在泥盆纪中期的化石记录中，并在古新世及中新世不同的水体中分布。虽然腔棘鱼在6500万年前的白垩纪末期被认为已经完全灭绝，但矛尾鱼的发现打破了这一认知。

总的来说，矛尾鱼和腔棘鱼都属于古老的鱼类，但它们在分类、外貌特征以及生存历史等方面存在一定的差异。