畜禽运输车辆备案注销需要提供相关证件和资料，包括车辆行驶证、营运证、车辆购置税发票、车辆保险单等。在车辆所在地的交通管理局或者畜牧兽医部门办理注销手续，填写注销申请表，进行车辆年审和检查，缴纳相关费用，注销后将车辆行驶证、营运证等证件交回给相关部门。