检疫证明办理流程如下：

1、提前申报，一般提前3天；

2、提供动物免疫记录，动物已佩戴了农业部统一的耳标；

3、临床检查健康；

4、生产地没有发生动物疫情；

5、如果是种用动物，需进行相应的实验室项目检测。

动物检疫合格证明根据国家相关规定，活体动物运输必须符合国家规定，托运人应提供当地县级以上动物检疫部门出具的“动物检疫合格证明”，以保证动物不携带传染性疾病。