在Flask中，可以通过配置多个数据库连接来连接多个数据库。可以通过在config文件中设置不同的DATABASE_URI来区分不同的数据库连接。

在代码中，可以通过db.create_all(bind=’数据库连接名’)和db.session.bind = db.get_engine(app, ‘数据库连接名’)来设置各个数据库之间的绑定关系。在执行ORM操作时，需要指定使用哪个数据库连接名来完成操作。