员工违反保密协议应该依照公司的保密制度进行处理，包括但不限于进行调查、停职、辞退等严厉的惩罚措施。

因为保密协议是企业与员工之间签订的具有法律效力的合同，违反保密协议将会造成严重的财务损失和商业风险。

同时，员工违反保密协议也可能会受到法律制裁，企业应该及时组织律师起草法律文件，因为违反保密协议涉及到知识产权等相关法律，而法律的适用具有复杂性，所以应该及时与专业律师取得联系，确保按照法律程序进行处理。

企业还需加强对员工保密教育，提高员工保密意识，防止类似情况再次发生。