甘肃省山丹县缺水干旱的主要原因有以下三点：

自然条件限制：山丹县地处西北内陆干旱地区，水资源相对匮乏。同时，该地区地形地貌复杂多样，但气候干燥，降雨量稀少，多年平均降水量仅为277毫米，仅是全国平均降水量的四成多。这种干燥的气候条件使得农业用水短缺，制约了农业的发展。

水资源短缺：甘肃省自产水资源量占全国地表水资源量的比例较低，仅为1%，且人均水资源占有量仅为全国人均的四分之一，是世界上水资源短缺的国家之一。这种水资源短缺的情况使得当地水资源供需矛盾日益突出，缺水问题愈发严重。

生态恶化：由于长期过度开采地下水，山丹县的地下水位逐渐下降，导致石羊河流域严重缺水，地下水超采情况严重危及到当地的生态环境。

为缓解山丹县的缺水干旱问题，需要采取综合性的措施。这包括加强节水宣传教育，提高公众的节水意识；推广节水灌溉技术，优化农业用水方式；加强水资源管理和保护，防止水资源的过度开采和污染；以及探索新的水资源开发利用方式，如雨水收集、人工增雨等。同时，也需要从政策层面进行引导和支持，推动水资源的高效利用和合理配置。