会，永磁直流控制器与永磁同步电机的配合使用，可能会导致电机烧毁。因为永磁直流控制器是为直流电机设计的，而永磁同步电机是交流电机。如果错误地将两者配对使用，可能会导致电机过热、损坏或烧毁。

为了确保电机的正常运行和避免损坏，建议使用与电机类型相匹配的控制器。如果需要使用永磁同步电机，应选择专为交流电机设计的控制器，如永磁同步电机控制器。这样可以确保控制器的输出与电机的需求相匹配，从而保护电机免受损坏。

因此，永磁直流控制器与永磁同步电机的配合使用可能会导致电机烧毁。在选择控制器时，务必确保与电机类型相匹配，以保证电机的正常运行和安全性。