要清洗透明玻璃杯并尽量避免留下痕迹，可以尝试以下方法：

1. 使用温和的洗洁剂：选择温和的洗洁剂，可以是洗碗液或专门针对玻璃制品的洗涤剂。避免使用强酸或碱性洗涤剂，以免对玻璃产生腐蚀作用。

2. 使用软毛刷或海绵：清洗玻璃杯时，使用软毛刷或海绵进行轻轻擦洗。不要使用硬刷子或粗糙的清洁工具，以免划伤玻璃表面。

3. 温水清洗：用温水将玻璃杯彻底冲洗，将残留的洗洁剂完全冲掉。请注意使用合适的水温，避免使用过热或过冷的水，以免对玻璃杯造成热胀冷缩而破裂。

4. 酒精或白醋清洁：如果玻璃杯上有顽固的污渍或水垢，可以尝试用少量的酒精或稀释过的白醋擦拭。先将酒精或白醋喷洒在柔软的布上，然后用布轻轻擦拭杯子，最后用清水冲洗干净。

5. 倒立晾干：清洗完毕后，将玻璃杯倒立放置，使其自然晾干。避免使用毛巾或纸巾擦拭，以免留下纤维残留。

请记住，仔细和轻柔地处理玻璃杯，避免碰撞或摔落，以免破损。另外，不同的玻璃材质和处理方式可能会导致不同的结果，建议您在操作之前先测试在一个不显眼的地方。