双皮奶做好后应该先放入保鲜盒中冷却至室温，然后再放入冰箱保鲜室中保存，因为双皮奶含有大量乳制品成分和糖分，容易腐败，同时也易受到外界异味等污染，因此需要冷藏保鲜，以延长其保质期。但是，过冷冻会破坏双皮奶的口感和营养成分，不建议在冷冻室中保存。