一般归教育主管理部门管，但也有特殊的学校，例如党校校长归各党委管理，军事院校校长归中央军委管理。全日制中小学校长都是地方政府所属的教育局管，有些行业特征的大学归相关的部委管理并负责校长的管理任免等。