系统集成通常使用API接口来调用第三方程序。API接口是为了让不同的软件系统能够互相通信而定义的一种通用语言。调用第三方程序的流程通常分为以下几个步骤：

首先需要了解第三方程序提供的API接口及其参数调用方式，然后在系统集成的代码中调用该API接口，并传递必要的参数，将第三方程序的返回结果解析并整合到系统集成中，最后对返回结果进行适当的处理和展示。