亚甲基蓝和杀菌盐在多个方面存在显著的差异。亚甲基蓝，化学式为CHN₃ClS，是一种吩噻嗪盐，具有深绿色青铜光泽，广泛应用于化学指示剂、染料、生物染色剂和药物等方面。它不仅可以提高鱼类的呼吸功能，还可以防治水霉病、烂尾病等多种鱼类疾病。

而杀菌盐则是一种新型环保型消毒剂，其主要功能在于有效杀灭水中的病原菌、细菌、病毒和真菌等微生物，保持水体的清洁和健康。在鱼类养殖中，杀菌盐常被用来消毒水质，防止病原微生物的滋生和传播。

总结来说，亚甲基蓝和杀菌盐在化学性质、用途以及在水体处理中的作用上均存在明显的区别。