BBL指标的缺陷在于其只能反映大肠杆菌等部分细菌的数量，并不能完全反映水体的细菌污染情况。

此外，BBL指标对水质变化的响应速度较慢，缺乏针对不同类型细菌的鉴定和分析功能。

为了解决这些问题，可以综合采用其他指标如全氮、总磷、溶解氧等指标进行监测，并开发出快速鉴定和分析细菌种类的新技术。

同时，应加强环境管理和监测体系建设，降低人类活动对水源的污染，保护水资源和生态环境。