三余镇隶属于江苏省南通市通州区。该镇地处通州区东北，东至黄海滩涂，南与二甲镇、海门区货隆镇、王浩镇、正余镇为界，西与东社镇、五甲镇、十总镇相邻，北与如东县掘港镇、大豫镇相邻。镇人民政府距离通州区人民政府21千米，行政区域面积368.01平方千米。