新农合医保和职工医保有以下区别：

一、职工医疗保险的适用对象是单位职工，新农合医保参保对象主要是当地的村民。

二、职工医保的缴费主体是用人单位和劳动者本人；新农合医保的缴费主体是参保人本人集体和政府多方筹资。

三、新农合在农村乡镇医院的报销比例最高，到市级以上医院报销比例相对社保较少。职工医保一般在定点医院看病报销比例最高，其它医院报销比例会降低。