马政寺由来久矣,相传始建于明初,为纪念朱元璋之妻马政娘娘放粮赈灾，而在此立寺奉祀。

马政寺原是道教宫观(娘娘殿)。马政寺原名马政庙历道教信徒集资兴建，合肥百姓因慕娘娘而名;相传元末战乱时马氏路过此地,见百姓疾苦,便拿出粮救济,自己却节衣缩食,马政寺就是后人为祭祀明太祖之妻马政娘娘而建，香火盛隆。