酿造微生物酵母菌种类繁多，目前已经被研究出的酵母菌种类约有1500余种，其中大部分都被应用于食品、医药、化工、生物工程等领域。

在酒类酿造中，常用的酵母菌有酿酒酵母、面包酵母、酸奶菌等；在啤酒酿造中，主要使用酿酒酵母、泡沫酵母等；在乳制品发酵中，应用较广泛的是乳酸菌、丙酮酸菌和酸酶乳杆菌等。

此外，针对特定食品的酵母菌也有很多种类，如柔软面包的酵母、发酵葡萄酱的酵母、安心菜的发酵酵母等。

在生物技术领域，利用酵母菌进行基因工程研究、产生重要蛋白质等方面也取得了许多成果，因此酵母菌在生物学、生物工程等领域中也备受关注。