西门子五轴的零偏设置需要在机床控制系统中进行。首先，需要将机床的各个轴移动到其零位，使其对应的编码器计数器清零，再进入系统设置菜单，选择零偏设置选项。

接着，根据实际情况，根据机床的加工需要设置各个轴的零偏值，这些零偏值将作为机床之后的标准坐标值。最后，确认设置内容无误后保存即可。通过合理设置机床的零偏，可以提高机床的加工精度和工作效率。