村民占用基本农田的处理方式是：个人或者单位非法占用农用地，数量达到五亩以上就构成立案标准，公安机关会介入。如果非法占用的是基本耕地之外的农村土地，要达到十亩才构成立案条件。对于该罪的处罚，量刑是五年以下有期徒刑。对于违反法律规定的行为，可以通过提出司法诉讼的方式得到救济。