想要南通农村补办房产证，首先需要准备好相关材料，包括房屋所有权证、身份证等个人证件以及相关的房产税清缴证明、建筑规划许可证等资料。

然后，需要联系当地的房产管理机构进行办理，提供完整的材料和信息，接受其审核和核实。如需缴纳相关费用，也需要按时缴纳。待审核完成并符合要求后，补办房产证的手续即可办理完成。