开票金额的保留小数位数应该根据不同行业和国家的规定而定，有些行业可以保留三位小数，有些则要求保留两位小数或更少。在中国，根据《财政部 国家税务总局关于进一步规范增值税发票管理有关问题的通知》规定，开票金额应保留到分。因此，一般情况下开票金额不能保留三位小数，否则可能会引发会计及税务方面的认定问题和管理风险。