城市通乘车码扣费是通过与公交车或地铁车辆的设备进行无线通信实现的。当乘客刷码进入车辆时，车辆设备会读取乘客的城市通乘车码信息，并将相关费用从乘客的城市通账户中扣除。这个过程是自动完成的，乘客无需进行额外操作。

扣费金额根据不同城市的规定而定，一般会根据乘车距离或时间计算。乘客可以通过手机APP或线下渠道充值城市通账户，确保账户有足够的余额以便正常乘车。