根据我国《道路交通安全违法行为记分管理办法》，校车驾驶员在以下情况下会被扣除三分：

1.驾驶校车在道路上行驶时，载人超过核定人数的。

2.驾驶校车未按照规定线路行驶的。

3.驾驶校车违反规定时间行驶的。

4.驾驶校车未按照规定速度行驶的。

5.驾驶校车未按照规定配备逃生装置的。

6.驾驶校车未按照规定安装安全设备的。

请注意，各地具体规定可能略有不同，请以当地交警部门的规定为准。同时，为了确保校车安全，驾驶员应严格遵守相关法规，保障孩子们的安全。