营业执照的股东持股比例一定程度上会影响公司合法经营，并且在公司经营、财务等方面会产生法律效应。例如，如果公司持股比例不符合法律规定，则不能合法经营并可能面临法律惩罚。此外，股东持股比例还会影响股权结构、决策权和利益分配等方面，因此，营业执照上的股东持股比例对公司的合法经营和运营产生至关重要的影响。