文件批复中，同意和原则同意的区别在于程度和具体性。同意表示完全赞同，没有任何保留；而原则同意则表示在原则上同意，但还需要进一步的讨论和细化。

原则同意通常是在一些复杂的问题上，需要考虑多方面的因素，需要进一步研究和探讨，因此不能直接做出最终决定。

同意则表示已经做出了最终决定，可以直接执行。在实际工作中，需要根据具体情况选择使用哪种方式，以达到最好的效果。