华兴数控wa98系统的编程输入分为手动输入和自动输入两种方式。手动输入是通过键盘输入G代码、M代码、T代码等指令，在屏幕上进行编辑，然后进行调试和修改。

自动输入是通过CAD/CAM软件或者G代码生成器在电脑端进行编写好的程序导入数控机床。在输入程序之前，需要进行机床和刀具的设置，再进行程序编写。编写好的程序可以保存在计算机中或者在U盘中备份，以备后续使用。编程前需要了解G代码和M代码的语法规则，并熟悉数控机床的操作和保养。