北京儿童医保扣费时间一般分为两种情况：

每年9月1日至9月30日由参保人员缴纳当年度少儿医疗保险费，3周岁以下儿童不需缴纳任何费用。

集中征缴期：每年9月1日至11月30日，参保儿童可一次性缴纳至次年医保待遇并享受医保待遇。

以上信息仅供参考，具体时间请以当地政府相关部门的政策为准。