南京体育学院仙林校区和灵谷寺校区的区别主要在于地理位置、建筑风格和专业设置等方面。

- 地理位置：南京体育学院仙林校区位于南京市栖霞区仙林大学城，而灵谷寺校区位于南京市玄武区灵谷寺路8号，两校区相距较远。

- 建筑风格：仙林校区的建筑风格以现代简约为主，而灵谷寺校区的建筑风格则以民国建筑为主，具有浓郁的历史文化气息。

- 专业设置：仙林校区主要以体育教育、运动训练、社会体育等专业为主，而灵谷寺校区则以体育康复、运动人体科学等专业为主。

需要注意的是，南京体育学院灵谷寺校区已于2023年停止使用，所有学生和教职员工已搬迁至仙林校区。