转基因大豆做豆腐的处罚需视情况而定：

生产经营转基因食品应当按照规定进行标示，未按规定进行标示的，没收违法所得和生产工具、设备、原料等，最高可处货值金额五倍以上十倍以下罚款，情节严重的责令停产停业，直至吊销许可证。如果是自己食用，并不进行售卖，则不违法。

《中华人民共和国食品安全法》规定，生产经营转基因食品应当按照规定进行标示。

同时规定，未按规定进行标示的，没收违法所得和生产工具、设备、原料等，最高可处货值金额五倍以上十倍以下罚款，情节严重的责令停产停业，直至吊销许可证。