工程转包协议书是否有效，主要取决于是否符合法律的规定。根据《中华人民共和国建筑法》和相关法律法规规定，禁止承包单位将其承包的全部建筑工程转包给他人，禁止承包单位将其承包的全部建筑工程肢解以后以分包的名义分别转包给他人。因此，如果工程转包协议书违反了法律、行政法规的强制性规定，就属于无效合同。

此外，如果工程转包协议书是双方当事人真实意思表示，且不违反法律和行政法规的强制性规定，则是有效的。也就是说，只要发包人与承包人签订的建设工程施工合同合法有效，承包人就可以将工程转包给其他人或企业，但必须确保符合相关法律法规的规定。

总之，在签订工程转包协议书之前，双方当事人应该充分了解相关法律法规和规定，确保合同合法有效。如果对合同效力存在疑问，建议咨询专业律师的意见。