深圳有通往厦门的客船，并且航班较多。以下是一些常见的港口和船运公司：

1. 蛇口客运站：有多家航运公司提供前往厦门的客船服务，如鼎新、长荣海运、运通等。

2. 南头码头：有“厦深宝湖轮”，提供往返厦门、湛江、珠海的客运服务。

3. 珠海拱北口岸：有“厦深游轮”，提供往返厦门、深圳、珠海、湛江、香港的客运服务。

以上航运公司和航班信息仅供参考，具体的船期、运行时间、票价等请以航运公司官网和客服电话查询确认。