六合区人口最多。

因为南京市的各区县、乡镇人口是有明确数据统计与公布的，根据南京市统计局公布的2019年人口数据，六合区人口为104.3万，是南京市人口最多的区县，其他区县的人口数分别为：玄武区82.7万、鼓楼区58.9万、建邺区60.7万、秦淮区69.0万、浦口区71.2万、栖霞区68.1万、雨花台区89.3万。

如果需要进一步研究南京市各乡镇人口数量，还可以通过南京市政府网站、统计局等官方渠道获取更详细的数据信息。