当被执行人有工程款在第三方时，可以采取以下几种措施：

1. **书面确认**：如果第三方愿意配合并出具书面确认，证明该工程款属于被执行人，那么法院可以根据相关法律规定对该部分财产进行查封、扣押或冻结。

2. **执行到期债权程序**：如果被执行人作为承包人对发包人享有到期的工程款债权，申请执行人可以申请执行该债权。这需要适用执行到期债权的程序，确保发包人的合法权益得到保护。

3. **提起法律诉讼**：如果第三方拒绝承认工程款属于被执行人，申请执行人可以根据《民法典》提起债权人代位权之诉、债权人撤销权之诉或确认债务人与第三人间民事法律行为无效之诉。通过法律途径来解决财产归属问题。

4. **全面调查取证**：执行法院应对涉及建设工程应收款的情况进行全面调查取证，包括被执行人与第三方之间的合同等，以便准确判断工程款的性质和归属。

5. **执行异议**：如果发包人提出执行异议，声称欠付的工程款已经被第三方查封，那么应当查明实际情况。如果确实包含依据生效判决应付给实际施工人的部分，则发包人不能支付给实际施工人，而应通过首封法院进行处理。

6. **注意规则差异**：执行被执行人在第三方处的工程款债权，属于执行到期债权，而非执行被执行人的收入。两者适用的规则、程序与救济存在差异，因此在执行过程中需要注意区分。

总的来说，在处理这类问题时，建议咨询专业律师，以便根据具体情况采取合适的法律行动。同时，应当遵循法律规定和程序，确保各方的合法权益得到妥善处理。