一是本质不同

毁坏：损坏，毁灭。

损毁： 由于各种原因造成的物件残破使之失去部分。（残破；破损；使失去效能。）

二是性质不同

损毁，多数是主观对象在不经意的时候，因为过失而破坏的，影响比较小，非本意。

毁坏，多数是主观对象具有明显的破坏目的，有意或有目的地对某种设置、物品的破坏，造成的影响比较大。词性色彩上，毁坏更大于损坏。